Quel contrat pour les locaux de son cabinet médical ou paramédical ?

Quel contrat pour les locaux de son cabinet médical ou paramédical ?

Un médecin, un chirurgien-dentiste, un kinésithérapeute ou une sage-femme qui s'installe signe presque toujours deux contrats structurants : celui qui organise son exercice, et celui qui lui donne accès à ses murs. Le second est régulièrement traité comme une formalité, alors qu'il détermine la durée pendant laquelle le praticien est certain de pouvoir exercer au même endroit, le montant qu'il paiera dans six ans, et la valeur de ce qu'il pourra céder le jour de son départ. La France comptait au 1er janvier 2025 quelque 237 200 médecins, 47 600 chirurgiens-dentistes et 25 800 sages-femmes en activité, auxquels s'ajoutaient 104 200 masseurs-kinésithérapeutes au 1er janvier 2024 selon la DREES. Une part importante de ces professionnels exerce dans des locaux dont le contrat n'a jamais été relu depuis l'installation.

L'erreur la plus fréquente consiste à croire que l'on signe un bail commercial. Un professionnel de santé libéral ne relève pas du statut des baux commerciaux, et l'intitulé porté en tête du contrat n'y change rien. Il relève, sauf option expresse, du bail professionnel régi par l'article 57 A de la loi n° 86-1290 du 23 décembre 1986, un régime beaucoup plus souple pour sortir mais beaucoup plus pauvre en protections. Les conséquences sont considérables : ni droit au renouvellement, ni indemnité d'éviction, ni plafonnement du loyer, ni encadrement légal des charges. Tout ce que le praticien n'a pas négocié dans son contrat, il ne l'aura pas.

La seconde question se pose quelques années plus tard, quand le cabinet tourne et que la capacité d'emprunt existe : faut-il continuer à payer un loyer à un tiers, ou détenir ses propres murs, le plus souvent par une société civile immobilière qui les reloue à la structure d'exercice ? L'opération est courante et parfaitement licite, mais elle place le praticien des deux côtés du contrat, ce qui déplace le risque du terrain locatif vers le terrain fiscal. Le présent guide traite ces deux moments successivement. Pour un accompagnement sur mesure, notre équipe en immobilier commercial et structuration intervient aux côtés des professionnels de santé et de leurs structures d'exercice.

Partie I - Je m'installe : pourquoi le bail commercial vous est fermé

L'article L. 145-1 du Code de commerce subordonne l'application du statut des baux commerciaux à deux conditions cumulatives : l'exploitation d'un fonds dans les locaux, et l'immatriculation de son titulaire au registre du commerce et des sociétés, ou au registre national des entreprises pour un chef d'entreprise du secteur des métiers et de l'artisanat. Un professionnel de santé libéral ne satisfait ni l'une ni l'autre. Il exploite une clientèle civile, qui n'est pas un fonds de commerce, et il n'est immatriculé ni au RCS ni au RNE en qualité d'artisan. Le statut lui est donc fermé de plein droit, quel que soit son chiffre d'affaires et quelle que soit l'importance de son installation.

La jurisprudence est constante sur ce point. La Cour de cassation a refusé le bénéfice du statut à un architecte exerçant dans des locaux désignés comme bureaux et atelier, faute d'exploitation d'un fonds de commerce et faute d'immatriculation au registre du commerce (Cass. 3e civ., 14 novembre 1996, n° 95-11.594). Elle a également jugé, à propos d'un chirurgien-dentiste, que l'autorisation donnée par le bailleur d'exercer une profession libérale dans les lieux ne suffit pas à soumettre le bail au statut, laquelle soumission suppose une volonté claire et non ambiguë (Cass. 3e civ., 22 mars 1995, n° 93-13.782).

Cette solution est lourde de conséquences pratiques. Un praticien qui a signé pendant quinze ans un contrat portant l'en-tête « bail commercial », qui a payé son loyer indexé et déclaré la TVA, découvre au moment du congé délivré par son bailleur qu'il ne dispose ni du droit au renouvellement de l'article L. 145-8, ni de l'indemnité d'éviction de l'article L. 145-14 du Code de commerce. Le contrat s'analyse en bail professionnel, et le congé de six mois auquel il vient d'être répondu suffit à mettre fin à son occupation. C'est très exactement la situation que la soumission volontaire au statut, correctement rédigée, aurait permis d'éviter.

L'erreur de l'intitulé et celle de la TVA

Deux indices trompent régulièrement les praticiens. Le premier est l'intitulé du contrat : un document baptisé bail commercial n'est pas un bail commercial si les conditions légales ne sont pas réunies. Le second est le régime de TVA : un loyer facturé avec TVA ne prouve rien, l'assujettissement résultant d'une option du bailleur au titre de l'article 260, 2° du Code général des impôts, entièrement indépendante de la qualification du bail. La Cour de cassation exige, pour reconnaître une soumission volontaire au statut, une volonté expresse et non équivoque, qui ne se déduit pas d'un simple comportement des parties (Cass. 3e civ., 6 avril 2011, n° 10-12.097).

Le diagnostic de la qualification réelle d'un contrat en cours, et l'identification des marges de manoeuvre qui subsistent une fois le congé reçu, relèvent d'une analyse au cas par cas que cet article ne peut pas remplacer. C'est précisément à ce stade qu'un accompagnement par un avocat en droit immobilier fait toute la différence, la fenêtre d'action étant souvent de quelques semaines.

Le bail professionnel de l'article 57 A : le régime par défaut

L'article 57 A de la loi du 23 décembre 1986 tient en quelques lignes, mais chacune compte. Le contrat de location d'un local affecté à un usage exclusivement professionnel est conclu pour une durée au moins égale à six ans et doit être établi par écrit. Au terme fixé, il est reconduit tacitement pour la même durée, sauf congé. Chaque partie peut notifier son intention de ne pas renouveler en respectant un préavis de six mois. Le locataire peut, à tout moment, notifier son intention de quitter les locaux en respectant le même préavis de six mois. Les notifications se font par lettre recommandée avec demande d'avis de réception ou par acte de commissaire de justice.

La souplesse offerte au praticien est réelle et souvent sous-estimée. Là où un commerçant ne peut sortir qu'aux échéances triennales, le professionnel de santé peut partir à n'importe quel moment de son bail, sans motif à justifier et sans pénalité, à la seule condition de respecter six mois de préavis. Cette faculté est d'ordre public : la Cour de cassation qualifie expressément ces dispositions ainsi (Cass. 3e civ., 21 février 2006, n° 05-12.317) et a jugé que le congé du preneur délivré avec six mois de préavis prime la clause de terme du bail (Cass. 3e civ., 2 février 2000, n° 98-15.675).

Il en résulte une conséquence rédactionnelle décisive, que beaucoup de bailleurs ignorent : une clause instituant une période ferme qui interdirait au praticien de résilier avant trois ou six ans est inopérante, de même qu'une clause allongeant le préavis à sa charge ou écartant la tacite reconduction. Ces stipulations sont régulièrement rencontrées dans des baux rédigés sur des modèles commerciaux, et régulièrement privées d'effet. Symétriquement, la renonciation du praticien au bénéfice de l'article 57 A n'est valable que si elle est expresse, non équivoque et postérieure à la naissance du droit auquel il renonce (Cass. 3e civ., 18 février 2014, n° 12-28.262 ; Cass. 3e civ., 6 juillet 2022, n° 21-18.508), ce qui fragilise toute renonciation stipulée dès la signature du bail.

Ce que le bail professionnel ne vous donne pas

La contrepartie de cette souplesse est une quasi-absence de protection, et c'est là que se joue l'essentiel. Il n'existe aucun droit au renouvellement : à l'échéance, le bailleur délivre un congé de six mois, sans motif et sans indemnité, et le praticien doit partir avec son plateau technique. Il n'existe aucun plafonnement du loyer de renouvellement, ni de révision triennale légale équivalente à celle de l'article L. 145-38 du Code de commerce : seule la clause d'indexation que le praticien a signée gouverne l'évolution du loyer. Il n'existe aucun inventaire légal et limitatif des charges, l'article L. 145-40-2 du Code de commerce et le décret n° 2014-1317 du 3 novembre 2014 relatif au bail commercial n'étant pas applicables.

La liste continue. La commission départementale de conciliation de l'article L. 145-35 n'est pas saisissable. Le droit de préférence de l'article L. 145-46-1, qui permet au commerçant d'acquérir en priorité les locaux mis en vente, ne bénéficie pas au praticien, ce texte ne visant que les locaux à usage commercial ou artisanal. Le dépôt de garantie n'est encadré par aucun plafond. Et la cession du bail comme la sous-location sont, par principe, libres en vertu de l'article 1717 du Code civil, sauf interdiction contractuelle : ce qui protège le praticien qui veut céder, mais expose le bailleur qui n'a pas pensé à l'interdire.

Un point technique mérite d'être signalé, car il joue au bénéfice du praticien : la prescription est de cinq ans en application de l'article 2224 du Code civil, et non de deux ans comme en matière de baux commerciaux, la prescription biennale de l'article L. 145-60 du Code de commerce ne visant que les actions exercées en vertu du chapitre V. Un loyer indûment indexé pendant plusieurs années peut donc être contesté sur une période plus longue qu'en bail commercial. Vous pouvez utilement rapprocher ce mécanisme des règles applicables en matière commerciale, que nous détaillons dans notre guide sur la révision du loyer en bail commercial.

Tableau 1 - Bail professionnel et bail commercial : le comparatif

Faut-il opter pour le statut des baux commerciaux ?

La loi ouvre une porte. Le 7° du I de l'article L. 145-2 du Code de commerce prévoit que, par dérogation à l'article 57 A de la loi du 23 décembre 1986, le statut s'applique aux baux d'un local affecté à un usage exclusivement professionnel si les parties ont conventionnellement adopté ce régime. Le praticien peut donc, avec l'accord de son bailleur, se placer volontairement sous le statut des baux commerciaux et récupérer le droit au renouvellement, l'indemnité d'éviction et le plafonnement.

L'arbitrage n'est pas évident, et il dépend de la position que l'on occupe. Du côté du praticien locataire, l'option apporte une stabilité décisive lorsque l'installation est lourde : un cabinet dentaire ou un plateau d'imagerie représente un investissement en cloisons plombées, réseaux, climatisation et fluides que l'on n'amortit pas sur six ans, et la perspective de devoir déménager sans indemnité à l'échéance est un risque financier majeur. En sens inverse, l'option fige la sortie sur les seules échéances triennales, alors que l'article 57 A permet de partir à tout moment : un praticien qui envisage une cession, un regroupement en maison de santé ou une réorientation dans les cinq ans perd une liberté précieuse. Et l'indemnité d'éviction elle-même, faute de fonds de commerce et de clientèle commerciale, serait d'évaluation incertaine.

Du côté du bailleur, l'option est presque toujours défavorable : elle transforme un actif dont il récupère la maîtrise à l'échéance en un actif grevé d'un droit au renouvellement d'ordre public et d'une indemnité d'éviction potentiellement supérieure à plusieurs années de loyer. Un bailleur institutionnel refusera généralement. Un bailleur qui est aussi le praticien, par le jeu d'une SCI familiale, n'a aucun intérêt à s'imposer une telle contrainte.

Un point de technique juridique doit enfin être pesé. La renonciation aux dispositions d'ordre public de l'article 57 A n'étant valable que si elle est postérieure à la naissance du droit, une option stipulée dès la signature du bail initial est juridiquement fragile. La Cour de cassation a par ailleurs jugé qu'un preneur non commerçant peut se prévaloir de l'article 57 A alors même que le bail se disait soumis au statut (Cass. 3e civ., 5 octobre 2017, n° 16-20.922). Autrement dit, l'option mal rédigée peut produire un résultat asymétrique : le praticien conserve sa faculté de sortie tout en n'étant pas assuré d'obtenir le renouvellement. La rédaction exacte de la clause, son emplacement et son articulation avec le reste du contrat conditionnent son efficacité, et c'est un point sur lequel il vaut mieux se faire assister que s'inspirer d'un modèle trouvé en ligne.

Les autres contrats et leurs faux amis

Trois autres formules circulent, dont deux sont des pièges fréquents.

La convention d'occupation précaire est définie par l'article L. 145-5-1 du Code de commerce : n'est pas soumise au statut la convention qui se caractérise, quelle que soit sa durée, par le fait que l'occupation des lieux n'est autorisée qu'à raison de circonstances particulières indépendantes de la seule volonté des parties. Le critère est objectif, et c'est tout le problème : il faut une circonstance externe réelle, comme une expropriation en cours, un arrêté de péril, un permis de démolir ou une opération d'aménagement. La durée est indifférente et la contrepartie doit rester une redevance modique. La Cour de cassation a jugé que l'inconstructibilité d'un terrain ne suffit pas à caractériser la précarité, requalifiant une convention après quatorze ans d'exploitation (Cass. 3e civ., 9 avril 2014, n° 13-10.725), et que la disparition des circonstances exceptionnelles initiales entraîne la requalification (Cass. 3e civ., 8 mars 2018, n° 16-22.075 et arrêts du même jour). Une convention précaire signée pour le confort d'une sortie facile sera donc requalifiée.

Le bail dérogatoire de courte durée est le faux ami le plus répandu. L'article L. 145-5 du Code de commerce permet aux parties de déroger au statut à condition que la durée totale n'excède pas trois ans. Mais ce mécanisme est interne au chapitre V : il suppose un bail qui, sans la dérogation, relèverait du statut des baux commerciaux. Il n'existe pas, en droit positif, de bail professionnel dérogatoire de courte durée légalement organisé. Un contrat de vingt-trois mois consenti à un kinésithérapeute sera donc analysé soit en bail professionnel de six ans, soit en convention d'occupation précaire si les circonstances le permettent, mais rarement dans le sens souhaité par celui qui l'a rédigé.

La sous-location et le partage de locaux constituent la troisième famille. En bail professionnel, la sous-location est libre par principe : l'article 1717 du Code civil énonce que le preneur a le droit de sous-louer et même de céder son bail si cette faculté ne lui a pas été interdite, en précisant que la clause d'interdiction est toujours de rigueur. Le praticien qui accueille un confrère dans un cabinet vacant doit donc d'abord vérifier son propre bail. En cas de sous-location prohibée, il s'expose à la résiliation, à l'expulsion de l'occupant et à des dommages-intérêts souvent évalués par différence entre le loyer principal et la somme perçue. Les mécanismes et les pièges sont largement transposables à ceux que nous analysons pour le bail commercial et la sous-location.

Reste le contrat de collaboration libérale, régi par l'article 18 de la loi n° 2005-882 du 2 août 2005. Le collaborateur exerce auprès d'un confrère, en toute indépendance et sans lien de subordination, avec le droit de se constituer une clientèle personnelle. Il occupe les locaux en vertu de ce contrat et n'a aucun droit locatif sur eux : ni bénéfice de l'article 57 A, ni droit au renouvellement, ni possibilité de céder son emplacement. Attention toutefois à la frontière : un contrat qui se borne à mettre un cabinet à disposition contre un forfait fixe, sans transmission de patientèle ni encadrement réel de l'activité, s'analyse en location ou sous-location déguisée, avec les conséquences qui s'y attachent.

Tableau 2 - Les cinq contrats possibles et leurs conditions

Les cinq clauses qui font la différence dans un bail de cabinet de santé

Le bail professionnel étant presque entièrement contractuel, sa qualité se juge sur un petit nombre de clauses. La première est la destination : elle doit couvrir l'activité de soins telle qu'elle est réellement exercée, y compris l'installation du matériel par scellement et l'apposition des plaques professionnelles, sans ouvrir sur une activité commerciale accessoire de vente qui brouillerait la qualification du bail.

La deuxième est la clause d'occupation par les tiers du chef du preneur, et c'est la plus souvent absente. Lorsque le bail est signé par une société civile de moyens, ce sont les associés, leurs collaborateurs libéraux, leurs assistants et leurs remplaçants qui occupent matériellement les cabinets. Sans autorisation expresse, cette occupation entre en tension avec l'interdiction de sous-location, et la jurisprudence sanctionne largement l'occupation par des tiers lorsque le bail réserve l'usage au seul preneur. La clause doit énoncer que cette mise à disposition ne constitue ni cession ni sous-location, que les occupants n'acquièrent aucun droit propre au maintien dans les lieux, et que le preneur demeure seul débiteur et répond de leurs dégradations au titre de l'article 1735 du Code civil.

La troisième est la clause d'indexation. L'indice pertinent pour une profession libérale est l'ILAT, le troisième alinéa de l'article L. 112-2 du Code monétaire et financier le réputant en relation directe avec l'objet d'une convention relative à un immeuble pour les activités exercées par les professions libérales. Deux pièges guettent : la période de variation de l'indice ne peut excéder la durée s'écoulant entre chaque révision, sous peine de neutralisation de la stipulation qui crée la distorsion (article L. 112-1, alinéa 2), et une clause d'indexation à la seule hausse est réputée non écrite dans son entier, sans qu'il y ait lieu de distinguer entre ses stipulations (Cass. 3e civ., 14 janvier 2016, n° 14-24.681). Un praticien qui a payé une indexation irrégulière pendant cinq ans dispose d'une créance de restitution qui peut représenter plusieurs mois de loyer.

La quatrième est la répartition des charges et des travaux. Aucun inventaire légal ne s'impose : tout ce qui n'est pas expressément mis à la charge du bailleur peut être refacturé au praticien, taxe foncière incluse, et tout ce qui n'est pas expressément mis à sa charge reste au bailleur. Il faut donc lire la clause en se demandant qui paiera le remplacement de la centrale de traitement d'air, la mise aux normes d'accessibilité du hall d'entrée, ou la réfection de la toiture. Les grosses réparations de l'article 606 du Code civil et l'obligation de délivrance de l'article 1719 constituent le socle qu'un bailleur ne peut pas raisonnablement transférer, mais la frontière est âprement discutée en pratique, comme le montre notre analyse du bail commercial et des travaux.

La cinquième est le bloc des contraintes réglementaires propres aux locaux de soins, qui n'apparaît quasiment jamais dans les baux standards. Un cabinet de santé est un établissement recevant du public de cinquième catégorie soumis aux articles L. 143-1 et suivants et L. 165-1 et suivants du Code de la construction et de l'habitation, avec un registre public d'accessibilité imposé par l'article R. 164-3. L'installation d'un appareil de radiologie relève du régime de déclaration de l'article L. 1333-8 du Code de la santé publique auprès de l'Autorité de sûreté nucléaire et de radioprotection. Les déchets d'activités de soins à risques infectieux obéissent aux articles R. 1335-1 et suivants du même code. Un séparateur d'amalgame est obligatoire en art dentaire au titre de l'article 10 du règlement (UE) 2017/852, et le rejet au réseau suppose l'autorisation de déversement de l'article L. 1331-10 du Code de la santé publique. Le bail doit dire qui paie chacune de ces mises en conformité, et à quelles conditions le praticien peut réaliser les travaux correspondants.

Un dernier point, souvent découvert trop tard : les contrats relatifs aux conditions d'exercice doivent être communiqués au conseil départemental de l'ordre, en application de l'article L. 4113-9 du Code de la santé publique pour les professions médicales. Le bail sera donc lu par l'instance ordinale, ce qui interdit toute clause portant atteinte à l'indépendance professionnelle, tout droit de regard du bailleur sur l'identité des praticiens et toute participation du bailleur aux honoraires.

Partie II - Je structure : faut-il acheter les murs de son cabinet ?

La seconde question se pose quand le cabinet est installé, que la patientèle est stable et que la banque accepte de financer. Payer un loyer à un tiers pendant vingt ans revient à constituer le patrimoine de quelqu'un d'autre. Détenir ses murs change la nature de l'opération : le praticien se constitue un actif, souvent destiné à financer sa retraite ou à être transmis, tout en conservant la déduction fiscale du loyer si le montage est correctement construit. Encore faut-il choisir le véhicule, et surtout mesurer le coût de la sortie autant que celui de l'exploitation.

Détenir les locaux de son cabinet : les trois voies possibles

La première est l'acquisition en nom propre. Le praticien achète les locaux personnellement, puis choisit de les inscrire ou non à son actif professionnel. C'est le plus simple, mais aussi le moins souple : l'immeuble se retrouve dans le patrimoine personnel, exposé aux aléas de la vie civile, difficile à partager entre associés et difficile à transmettre par fractions.

La deuxième, et de loin la plus fréquente, est la société civile immobilière. Les praticiens constituent une SCI qui acquiert les locaux, puis les donne à bail à la structure d'exercice, société civile de moyens, société d'exercice libéral ou praticien exerçant en nom propre. L'intérêt est triple : le loyer versé est une charge déductible côté exercice, la SCI capitalise et rembourse l'emprunt avec ce loyer, et les parts sociales se transmettent ou se cèdent plus aisément qu'un immeuble indivis. C'est exactement le schéma que l'on rencontre lorsqu'un cabinet de groupe est repris par de nouveaux associés, qui constituent une SCI acquéreur en parallèle du rachat des parts de la structure d'exercice.

La troisième est le crédit-bail immobilier, défini au 2 de l'article L. 313-7 du Code monétaire et financier comme l'opération par laquelle une entreprise donne en location des biens immobiliers à usage professionnel, achetés par elle ou construits pour son compte, en permettant au locataire d'en devenir propriétaire au plus tard à l'expiration du bail. Les durées observées vont de douze à quinze ans, parfois vingt, avec une levée d'option à valeur résiduelle souvent symbolique. La formule évite l'apport initial et les loyers sont déductibles, mais deux réserves méritent attention : la quote-part de loyer correspondant à l'amortissement du terrain n'est pas déductible en application du 10 de l'article 39 du Code général des impôts, et la levée d'option à faible valeur résiduelle prépare une plus-value professionnelle très lourde le jour de la revente.

Le loyer que l'on se verse à soi-même

C'est le point le plus mal compris de tout le sujet, et celui où les erreurs coûtent le plus cher.

L'article 93, 1, 1° du Code général des impôts est très clair pour le praticien imposé en bénéfices non commerciaux : les dépenses déductibles comprennent le loyer des locaux professionnels, mais lorsque le contribuable est propriétaire de locaux affectés à l'exercice de sa profession, aucune déduction n'est apportée de ce chef au bénéfice imposable. Un praticien propriétaire en nom propre ne peut donc pas déduire une valeur locative fictive de son bénéfice.

Il dispose en revanche d'un choix structurant. S'il inscrit l'immeuble à son actif professionnel sur le registre des immobilisations prévu par l'article 99 du Code général des impôts, il déduit l'amortissement du bâtiment, les intérêts d'emprunt, la taxe foncière, les assurances et l'entretien, ce qui est fiscalement efficace pendant l'exploitation. Mais la cession relèvera des plus-values professionnelles, et la seule sortie de l'immeuble de l'actif suffit à déclencher l'imposition immédiate de la plus-value en application de l'article 151 sexies du même code. S'il conserve l'immeuble dans son patrimoine privé, il perd l'amortissement mais préserve le régime des plus-values des particuliers, avec l'abattement pour durée de détention et l'exonération totale au terme des délais de détention.

Le montage par SCI déplace le raisonnement. Le loyer versé par la structure d'exercice à la SCI est une charge déductible de son résultat, et il constitue un revenu foncier imposable entre les mains des associés de la SCI si celle-ci relève de l'impôt sur le revenu. Comme les associés des deux structures sont souvent les mêmes personnes, l'opération est parfois présentée comme fiscalement neutre. Elle ne l'est pas tout à fait : la déduction s'opère au taux marginal du bénéfice professionnel, tandis que l'imposition en revenus fonciers subit en outre les prélèvements sociaux à 17,2 %. L'intérêt réel du montage est patrimonial avant d'être fiscal : il permet de faire rembourser l'emprunt de la SCI par le cabinet, donc de constituer un actif avec des revenus professionnels.

Acte anormal de gestion et requalification en BIC : les deux risques du loyer entre soi

Dès lors que les mêmes personnes se trouvent des deux côtés du bail, deux risques fiscaux distincts apparaissent, et ils sont régulièrement confondus.

Le premier est l'acte anormal de gestion. Un loyer manifestement supérieur à la valeur locative réelle est une charge étrangère à l'intérêt de l'exploitation : la fraction excédentaire n'est pas déductible chez le preneur, alors que la SCI reste imposée sur l'intégralité du loyer perçu. Le résultat est une double imposition économique parfaitement évitable. Le montant en jeu n'est pas théorique : sur un loyer de 5 500 euros par mois, une surévaluation de 20 % représente 13 200 euros par an de charge non déductible, sur un délai de reprise de plusieurs exercices.

Le second est la requalification des revenus de la SCI en bénéfices industriels et commerciaux, avec assujettissement de plein droit à la TVA. Deux critères se cumulent : les associés détiennent la majorité du capital de la SCI et dirigent la société locataire, et le loyer est fixé à un niveau anormal ou d'une façon telle qu'il associe le bailleur aux résultats du locataire. Le premier critère est presque toujours rempli dans un montage de cabinet, ce qui fait reposer toute la sécurité de l'opération sur le second. La conséquence pratique est simple à énoncer : le loyer doit être strictement fixe, sans part variable assise sur les honoraires, les recettes ou le résultat du cabinet, aussi séduisante que puisse paraître l'idée d'un loyer qui suivrait l'activité.

La construction du dossier justificatif, le choix du niveau de loyer et l'articulation avec les assemblées des deux sociétés relèvent d'un travail sur mesure qui se prépare avant la signature, pas après une proposition de rectification. C'est très précisément à ce stade qu'un accompagnement par un avocat en droit fiscal et en structuration patrimoniale change l'issue du contrôle.

SCI à l'impôt sur le revenu ou SCI à l'impôt sur les sociétés

L'arbitrage est le plus lourd de conséquences de tout le montage, et il est largement irréversible.

La SCI à l'impôt sur le revenu relève des revenus fonciers définis par l'article 14 du Code général des impôts. Elle ne peut déduire que ses charges réelles, intérêts d'emprunt compris, mais pas d'amortissement, ce qui produit fréquemment un résultat fiscal positif alors que la trésorerie est absorbée par le remboursement du capital. En contrepartie, la cession relève des plus-values immobilières des particuliers des articles 150 U et suivants, avec un abattement pour durée de détention aboutissant à l'exonération d'impôt sur le revenu au terme de vingt-deux ans et de prélèvements sociaux au terme de trente ans.

La SCI à l'impôt sur les sociétés, par l'option de l'article 206, 3 du même code, inscrit l'immeuble à son actif et l'amortit. Le résultat imposable est écrasé pendant toute la phase d'exploitation, ce qui est très efficace lorsque le praticien est à taux marginal élevé. Le taux applicable est de 25 % en application de l'article 219, I, réduit à 15 % dans la limite de 42 500 euros de bénéfice pour les sociétés remplissant les conditions du b du même texte. Mais la sortie est douloureuse : la plus-value de cession est une plus-value professionnelle calculée sur la valeur nette comptable, donc reconstituée des amortissements pratiqués, imposée sans aucun abattement pour durée de détention, puis frappée une seconde fois lors de la distribution du prix aux associés. Sur une détention longue, l'écart peut inverser complètement l'arbitrage initial.

Deux avertissements s'imposent. L'option pour l'impôt sur les sociétés est irrévocable au-delà du délai de renonciation prévu par l'article 239 du Code général des impôts. Et une SCI qui loue des locaux équipés devient passible de l'impôt sur les sociétés de plein droit, par l'effet de l'article 206, 2, sans option et sans avertissement : c'est le sujet du paragraphe suivant.

Tableau 3 - SCI à l'IR ou SCI à l'IS pour détenir les locaux du cabinet

Les trois pièges fiscaux qui coûtent le plus cher

Louer des locaux équipés plutôt que des murs nus

C'est le piège le plus coûteux, et le plus facile à éviter. L'exonération de TVA de l'article 261 D, 2° du Code général des impôts ne concerne que les locations de locaux nus. Dès que le bail porte sur des locaux équipés, fauteuils dentaires, tables d'examen, plateau d'imagerie ou appareillage de rééducation, l'exonération tombe et la location devient une prestation soumise à la TVA de plein droit, sans qu'aucune option n'ait été exercée. Côté impôt sur le revenu, l'article 35, I, 5° du même code qualifie de bénéfices industriels et commerciaux les profits tirés de la location d'un établissement muni du mobilier ou du matériel nécessaire à son exploitation, que la location comprenne ou non les éléments incorporels du fonds. Si le bailleur est une société civile, l'article 206, 2 la rend passible de l'impôt sur les sociétés de plein droit.

Un troisième risque se superpose. L'article 720 du Code général des impôts étend les droits de mutation applicables aux cessions de fonds de commerce ou de clientèles à toute convention à titre onéreux ayant pour effet de permettre à une personne d'exercer une profession occupée par un précédent titulaire, même en l'absence de cession de clientèle. Les droits sont exigibles sur toutes les sommes imposées au successeur, selon le barème de l'article 719. La doctrine administrative admet certes que l'administration s'abstient d'appliquer ce texte en cas de simple mutation de jouissance consentie pour une durée déterminée, en citant l'exemple d'un chirurgien-dentiste donnant à bail son immeuble et son matériel dentaire, mais cette tolérance suppose que l'opération reste effectivement une location et non une transmission déguisée.

La parade est connue : scinder les contrats. Un bail professionnel sur les murs nus d'un côté, une convention distincte de mise à disposition du matériel de l'autre, avec inventaire, valorisation propre et redevance séparée. Le contrat unique qui réunit les murs et le plateau technique cumule les trois risques sur la totalité du loyer.

Opter pour la TVA quand le preneur ne peut pas la récupérer

L'article 260, 2° du Code général des impôts permet au bailleur de locaux nus professionnels d'opter pour l'assujettissement à la TVA. L'option est parfois présentée comme un réflexe, notamment lorsque la SCI a supporté une TVA d'amont importante à l'acquisition ou lors de travaux. Elle est pourtant rarement pertinente lorsque le preneur est un cabinet de santé.

La raison est simple : l'activité de soins dispensés aux personnes par les membres des professions médicales et paramédicales réglementées est exonérée de TVA par le 1° du 4 de l'article 261 du Code général des impôts, et les services rendus par une société civile de moyens à ses associés relèvent de l'exonération de l'article 261 B. Le cabinet n'a donc aucun droit à déduction, ou presque. La TVA facturée sur le loyer devient un coût définitif. Sur un loyer de 5 500 euros par mois, cela représente 13 200 euros par an de charge sèche supplémentaire. L'arbitrage doit donc être chiffré en confrontant ce coût récurrent à la TVA d'amont récupérable, en tenant compte du délai de régularisation de vingt ans applicable aux immeubles. Il faut par ailleurs savoir que l'option ne peut être exercée à l'égard d'un preneur non assujetti que si le bail en fait expressément mention.

Une alerte de calendrier mérite d'être signalée : la recodification de la TVA au sein du code des impositions sur les biens et services conduit à l'abrogation programmée des articles 260, 261 et 261 D du Code général des impôts. Les baux de longue durée gagnent à comporter une clause de renvoi automatique aux dispositions qui leur succéderont.

Oublier que le bail survit à la vente de l'immeuble, mais à une condition

L'article 1743 du Code civil protège le locataire en cas de vente : l'acquéreur ne peut expulser le locataire qui a un bail authentique ou dont la date est certaine. Or un acte sous signature privée n'acquiert date certaine à l'égard des tiers que du jour où il est enregistré, en application de l'article 1377 du même code. Un bail professionnel non enregistré n'est donc pas opposable avec certitude à l'acquéreur des murs.

La formalité est peu coûteuse : l'article 739 du Code général des impôts prévoit un droit fixe de 25 euros lorsque l'enregistrement d'un bail à durée limitée est requis par les parties. Vingt-cinq euros pour sécuriser six ans d'occupation constituent probablement le meilleur rapport entre coût et protection de tout le contrat. Attention enfin au second alinéa de l'article 1743, rarement lu : le bailleur peut expulser le locataire de biens non ruraux s'il s'est réservé ce droit par le contrat de bail. Une clause discrète en ce sens vide la protection de sa substance, et il vaut mieux obtenir une renonciation expresse.

Structures d'exercice et locaux : SCM, SISA, SEL

Le choix de la structure qui signera le bail n'est pas neutre, car c'est elle qui portera l'engagement et qui devra organiser l'occupation par les praticiens.

La société civile de moyens est la formule la plus répandue. Son régime figure désormais à l'article 38 de l'ordonnance n° 2023-77 du 8 février 2023, qui a repris, depuis le 1er septembre 2024, les dispositions de l'article 36 de la loi n° 66-879 du 29 novembre 1966, abrogé à cette date. La SCM a pour objet exclusif de faciliter à chacun de ses membres l'exercice de son activité, les associés mettant en commun les moyens utiles à l'exercice de leurs professions sans que la société puisse elle-même exercer celle-ci. Elle peut donc être preneuse du bail et refacturer l'occupation, mais la clause d'occupation par les associés évoquée plus haut devient alors indispensable. Un point souvent ignoré : contrairement aux sociétés civiles professionnelles, la SCM ne comporte pas de responsabilité solidaire de ses associés. S'appliquent les articles 1857 et 1858 du Code civil, soit une responsabilité indéfinie mais conjointe, à proportion des parts, et subsidiaire. Un bailleur avisé demandera donc un cautionnement solidaire, qui doit comporter la mention de l'article 2297 du Code civil à peine de nullité.

La société interprofessionnelle de soins ambulatoires, régie par les articles L. 4041-1 et suivants du Code de la santé publique, est une société civile constituée entre professionnels médicaux, auxiliaires médicaux et pharmaciens, qui exige au moins deux médecins et un auxiliaire médical. Son objet couvre la mise en commun de moyens, mais aussi l'exercice en commun d'activités de coordination et d'éducation thérapeutique, et, dans le cadre d'une maison de santé, le salariat de professionnels et l'encaissement puis le reversement des rémunérations. Elle peut être preneuse du bail. Elle reste toutefois un outil d'organisation des soins et d'accès aux financements collectifs, non un véhicule patrimonial : la détention de l'immeuble a vocation à rester dans une structure dédiée.

La société d'exercice libéral a été refondue par la même ordonnance du 8 février 2023, entrée en vigueur le 1er septembre 2024, qui a abrogé l'essentiel de la loi n° 90-1258 du 31 décembre 1990. Les SEL prennent la forme de SARL, SA, SAS ou SCA régies par le livre II du Code de commerce, sous réserve des dispositions propres au livre III de l'ordonnance. Elles sont donc immatriculées au registre du commerce et des sociétés, ce qui appelle une précision importante : cette immatriculation ne suffit pas à faire naître un fonds de commerce, et une SEL de santé peut parfaitement être preneuse d'un bail professionnel. Mais l'apparence créée par l'immatriculation nourrit les débats de qualification, et un bail SEL qui mêlerait activité de soins et activité accessoire de vente, en optique ou en audioprothèse par exemple, peut ouvrir la porte au statut des baux commerciaux. La destination doit donc être rédigée avec une précision particulière, tout comme les rapports entre associés, sujet que nous abordons dans notre guide sur les statuts de société.

Questions Fréquemment Posées (FAQ)

Un médecin ou un kinésithérapeute peut-il signer un bail commercial ?

Pas de plein droit. L'article L. 145-1 du Code de commerce exige l'exploitation d'un fonds dans les locaux et l'immatriculation du titulaire au registre du commerce et des sociétés ou au registre national des entreprises. Un professionnel de santé libéral exploite une clientèle civile et n'est immatriculé ni à l'un ni à l'autre en cette qualité. Il peut en revanche se placer volontairement sous le statut avec l'accord de son bailleur, en application du 7° du I de l'article L. 145-2. Cette option doit être expresse et non équivoque : ni l'intitulé du contrat, ni la facturation de la TVA ne suffisent à l'établir.

Quelle est la durée minimale d'un bail professionnel pour un cabinet médical ?

Six ans, en application de l'article 57 A de la loi du 23 décembre 1986, avec reconduction tacite pour la même durée à défaut de congé. Cette durée minimale est d'ordre public : une clause prévoyant trois ans serait inopérante. À noter que chaque reconduction tacite constitue un nouveau contrat, soumis au droit en vigueur à la date de la reconduction, ce qui a des conséquences pratiques importantes lorsqu'un bail ancien est toujours en cours.

Peut-on résilier un bail professionnel avant son terme ?

Oui, et c'est le principal avantage de ce régime pour le praticien. Le locataire peut à tout moment notifier son intention de quitter les locaux en respectant un préavis de six mois, sans avoir à justifier d'un motif et sans pénalité. La notification se fait par lettre recommandée avec demande d'avis de réception ou par acte de commissaire de justice. Cette faculté étant d'ordre public, une clause de période ferme ou un préavis allongé à la charge du praticien sont privés d'effet.

Le bailleur peut-il refuser de renouveler le bail de mon cabinet ?

Oui, librement, et c'est le principal risque du bail professionnel. À l'expiration de chaque période, le bailleur peut délivrer un congé avec un préavis de six mois, sans avoir à motiver sa décision et sans verser aucune indemnité. Le praticien doit alors quitter les locaux avec son installation. C'est ce risque qui justifie, pour les cabinets à plateau technique lourd, d'examiner l'opportunité d'une soumission volontaire au statut des baux commerciaux ou d'une acquisition des murs.

Faut-il créer une SCI pour acheter les locaux de son cabinet ?

C'est la solution la plus souple lorsque plusieurs praticiens sont concernés ou lorsque la transmission est un objectif, parce que les parts sociales se cèdent et se transmettent plus facilement qu'un immeuble indivis, et que le loyer versé par la structure d'exercice permet de rembourser l'emprunt de la SCI avec des revenus professionnels. Le choix entre impôt sur le revenu et impôt sur les sociétés est en revanche déterminant et largement irréversible, l'option pour l'impôt sur les sociétés étant très efficace pendant l'exploitation mais coûteuse à la revente. Cet arbitrage se chiffre au cas par cas, en fonction de l'horizon de détention et du taux marginal d'imposition.

Le loyer versé à ma propre SCI est-il déductible ?

Oui, dès lors qu'il correspond à l'exercice de la profession et qu'il n'est pas excessif. En revanche, un praticien qui est propriétaire des locaux à titre personnel ne peut déduire aucune valeur locative de son bénéfice non commercial : l'article 93, 1, 1° du Code général des impôts l'exclut expressément. Attention au niveau du loyer versé à une SCI détenue par les mêmes personnes : la fraction excédant la valeur locative réelle est susceptible d'être écartée comme acte anormal de gestion, avec une double imposition économique à la clé.

Quel indice d'indexation choisir pour un bail professionnel de santé ?

L'ILAT, indice des loyers des activités tertiaires, que le troisième alinéa de l'article L. 112-2 du Code monétaire et financier répute en relation directe avec l'objet d'une convention relative à un immeuble pour les activités exercées par les professions libérales. L'indice du coût de la construction reste licite mais moins adapté, l'indice des loyers commerciaux est réservé aux activités commerciales et artisanales, et l'indice de référence des loyers est propre à l'habitation. Veillez surtout à ce que la clause joue à la hausse comme à la baisse : une indexation à la seule hausse est réputée non écrite dans son entier.

Doit-on communiquer le bail du cabinet à l'Ordre ?

Oui pour les professions médicales, en application de l'article L. 4113-9 du Code de la santé publique, qui impose de communiquer au conseil départemental les contrats relatifs à l'exercice de la profession et à l'usage du matériel et des locaux. Le bail sera donc lu par l'instance ordinale, ce qui interdit toute clause portant atteinte à l'indépendance professionnelle, tout droit de regard du bailleur sur l'identité des praticiens et toute participation du bailleur aux honoraires. Il est prudent de faire relire le contrat sous cet angle avant signature.

Conclusion

Le contrat qui donne accès aux locaux d'un cabinet médical ou paramédical est presque entièrement contractuel. Le bail professionnel de l'article 57 A offre au praticien une liberté de sortie que le bail commercial ne connaît pas, mais il ne lui offre rien d'autre : aucune protection à l'échéance, aucun encadrement du loyer, aucune limite légale aux charges refacturées. Tout ce qui n'a pas été négocié sera subi. Et lorsque le praticien passe de l'autre côté du contrat, en détenant ses murs par une société civile immobilière, le risque change de nature plus qu'il ne disparaît : il devient fiscal, et se joue sur le niveau du loyer, sur son caractère fixe, sur le périmètre exact de ce qui est loué et sur le choix, largement irréversible, du régime d'imposition de la société.

Ces deux moments, l'installation et la structuration, se préparent bien avant la signature. Le coût d'une relecture de bail est sans commune mesure avec celui d'un congé reçu à six mois d'un plateau technique non amorti, ou d'une proposition de rectification portant sur plusieurs exercices de loyers jugés excessifs. Notre cabinet accompagne les professionnels de santé et leurs structures d'exercice sur ces deux terrains, de la négociation du bail à la construction du montage de détention.

Article rédigé par Guillaume Leclerc, avocat d'affaires à Paris, 34 Avenue des Champs-Élysées.

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